Ich finde es ein wenig schwierig, mich hier zurecht zu finden, obwohl ich sicher kein Newbie bin. Ich kann noch nicht ganz beschreiben woran es liegt. Es könnte damit zusammenhängen, dass man auf der Startseite landet und von dort in eine Projektgruppe wechselt, die auf einer eigenen Subdomain liegt und zwar genauso aussieht wie die Startseite, aber ganz anders zu navigieren ist. Man kann dann AFAIK auch nur über die Startseite in eine andere Projektgruppe wechseln. Ein paar Ideen:

1. Wenn man in einer Projektgruppe ist, sollte in dieser mittleren Navigationsleite nicht "Projektgruppe" sondern der Name der Projektgruppe stehen. Und es müsste irgendwie deutlicher sein, dass die Menüpunkte daneben zu dieser Projektgruppe gehören.
2. Vielleicht lässt es sich vereinfachen indem man eine Dropdown-Navigation an der Stelle nutzt. Ich bin zwar kein Fan von DropDown-Menüs in Webseiten aber vielleicht hilft das hier: Man könnte da nämlich einfach als Hauptmenüpunkte alle Projektgruppen nebeneinander setzen und als Untermenüpunkte die Punkte "Papiere", "Vorschläge", "Mitglieder" usw.
3. Es könnte auch ein Farbschema helfen zu sehen, wo man gerade ist.